上櫃監理部
●股票發行人之監督管理事宜。
●相關規章之制定、研究與宣導。

交易部
●櫃檯買賣股票及其衍生性商品之交易及給付結算作業。
●監視制度之建立、管理及實施。
●相關規章之制定、研究及宣導。
●櫃檯買賣證券商之管理。

債券部
●債券及其衍生性商品之上櫃及其發行人之管理。
●債券及其衍生性商品之交易及給付結算作業。
●相關規章之制定、研究與宣導。
●櫃檯買賣債券自營商之管理。

資訊部
●櫃檯買賣交易資訊、統計資料之製作。
●電腦系統之規劃、程式軟體之開發與設計。
●交易資料、檔案與機房管理。

稽核室
●證券商財務、業務查核。
●證券商之財務、業務報表書面審核。

管理部
●議事、文書、檔案管理及印信典守。
●營繕工程及財物之採購、保管與維護。
●公關、國際事務之聯繫。
●人事管理事項。
●會計管理事項。

企劃部
●辦理董事會議事. 市場宣導. 研究發展. 專案規劃及國際事務等事宜。

內部稽核小組
●本中心內部財務、業務之查核。